發酵過程中產桔黴素較為普遍

產生青黴素的菌種很多，其中最為經典的是青黴屬真菌Penicillium chrysogenum。這種真菌在發酵過程中，會產生一個叫做β-內酰胺酶的酶，這種酶能夠分解β-內酰胺型抗生素。這個酶是保護這種真菌不受β-內酰胺型抗生素的攻擊。

在發酵過程中，青黴屬真菌會產生一個叫做初始生物合成途徑的化合物，這種化合物能夠轉化成青黴素。該青黴素結構中的一個部分叫做絲氨酸，它的存在使得這種抗生素能夠對β-內酰胺型菌株產生毒性作用。

除了青黴素外，產生其他類別的抗生素也很普遍，如鏈黴素、澤寧黴素等。這些抗生素的產生與菌株的品種、培養基、發酵條件等因素有關。